Snelle test speurt naar ziekteverwekker

Als onderdeel van het stellen van een diagnose worden in het laboratorium voor de meest verdachte ziekteverwekkers PCR-testen gedaan. Na een paar dagen blijkt dan of die ziekteverwekkers in het monster zitten. Is het nodig om precies de bacterie- of virusstam te kennen, dan is sequencing nodig: op een rijtje zetten van alle genen. Dat duurt vaak een paar weken extra.

Er is een nieuw apparaat: de MinION. Dat kan niet alleen veel sneller een ziekteverwekker aantonen, maar daarvan is ook meteen de sequence bekend. De MinION kijkt met behulp van nanopore sequencing naar genetische codes van ziekteverwekkers die al dan niet in het monster zitten. Deze nieuwe manier van onderzoek is nog niet erg gevoelig waardoor er vaak maar één ziekteverwekker tegelijk wordt gevonden.

Voor- en nadelen

'Nanopore sequencing heeft zowel voor- als nadelen', zegt Martijn Steenaert, dierenarts bij Boehringer Ingelheim. 'Het is zonder meer een voordeel dat sequencing van ziektekiemen veel toegankelijker wordt. En dat de hele genetische code bekend wordt, in plaats van alleen een gedeelte ervan, zoals nu vaak gebruikelijk is', vervolgt hij.

'Nadelen zijn dat de techniek nog niet robuust genoeg is voor direct gebruik in het veld. De interpretatie van de uitslag vraagt om goede software op een stevige computer én om een deskundige dierenarts die de resultaten kan plaatsen in de context van het probleem.'

Steenaert verwacht daarom nog niet dat de nieuwe techniek het huidige PCR-onderzoek zomaar kan vervangen. 'Je wilt vaak weten welke ziekteverwekkers er tegelijk op een bedrijf spelen die bijvoorbeeld ademhalingsproblemen veroorzaken. Is er bijvoorbeeld griep, PRRS, APP en/of mycoplasma aanwezig. Daar laat je dan een monster op onderzoeken.'

Snel nieuwe stammen vinden

Omdat deze nieuwe techniek standaard de hele genetische code van een ziekteverwekker vaststelt, kunnen snel nieuwe stammen worden gevonden. Zo is er mee aangetoond dat er in Nederland bij Parvo al in 73 procent van de gevallen sprake is van nieuwe stammen. Dat heeft invloed op de keuze van het vaccin: het nieuwe vaccin ReproCyc ParvoFLEX beschermt goed tegen deze nieuwe stammen, alsook tegen de 'oude' stammen.

De nieuwe techniek zal volgens Steenaert op termijn zijn intrede gaan doen bij de dierenarts. 'Die heeft bijvoorbeeld op basis van de verschijnselen een sterke verdenking van streptokokken. De dierenarts neemt dan een monster en via de Nanopore MinION-techniek is er enkele uren later al de uitslag; zijn er streptokokken gevonden, wat voor type en voor welke antibiotica is deze gevoelig. Dan is veel sneller een gerichte behandeling mogelijk.'